なぜ関節リウマチが起こるのか、病気の原因は今のところすべて解明されたわけではありませんが、免疫システムの異常がかかわっていることが明らかになってきました。
免疫とは、病原体などの異物（「抗原」といいます）が体内に侵入してきたときに、異物を攻撃する武器（「抗体」といいます）を作って、異物を対外へ排除するシステムのことをいいます。
この免疫システムになんらかの異常が起きると、様々な病気を引き起こします。
例えば花粉症や食物アレルギーなどは、特定の花粉や食べ物の成分などに過剰に反応してしまうという免疫システムの異常によるものです。
これらの免疫反応の標的は、あくまでも体外から体内に侵入した異物ですが、なかには、本来なら免疫反応を起こさないはずの自分の体を構成する成分を異物と間違えて抗体を作り、自分自身を攻撃してしまうことがあります。
このような病気を「自己免疫疾患」といい、関節リウマチはこの自己免疫疾患のひとつになります。
関節リウマチの患者さんのおよそ７割が「リウマチ因子」と呼ばれる特有の自己抗体をもっています。
このリウマチ因子が、本来なら自分の体を守るために働く免疫グロブリン（Ｉｇ）の中のＩｇＧという抗体に反応して、トラブルを起こします。